Fungarium grzybów mikroskopowych w swej obecnej postaci powstało w 1989 roku i rozbudowywane było w następnych latach z myślą o udokumentowaniu całości mikromikobioty Puszczy Białowieskiej. Z czasem, w wyniku realizacji różnych projektów badawczych i wypraw mikologicznych, sukcesywnie powiększano zbiory o okazy z innych części kraju i zagranicy. Fungarium grzybów mikroskopowych obejmuje pasożytnicze gatunki występujące na żywych roślinach oraz saprotrofy rozkładające martwe pędy roślin naczyniowych. Okazy gromadzone są w formie zielnika. Porażone fragmenty roślin umieszczone są w składanych kopertach z szarego papieru o wymiarach 14 x 20 cm. W prawym górnym rogu koperta jest opieczętowana numerem kolejnym. Każda koperta zawiera również wygenerowaną z programu etykietę zielnikową wraz z kodem QR. Do zbioru w większości przypadków dołączone są również fotografie z szczegółami budowy mikroskopowej grzyba . Koperty z poszczególnymi taksonami złożone są w kartonowych pudełkach Zasoby fungarium, stan opracowania i wykorzystanie W fungarium zgromadzone są okazy mikobioty z Podlasia jak też z innych regionów Polski. Nieliczne zbiory zagraniczne pochodzą z własnych wypraw naukowych: Litwa, Łotwa, Czechy, Słowacja, Norwegia, Szwecja, Finlandia, Niemcy i Anglia. Stan zbiorów na dzień 01.01.2020 wynosi 4640 kopert Znaczna część materiałów z trudnych systematycznie rodzajów czeka jeszcze na oznaczenie. Nazwy gatunków grzybów przyjęto głównie na podstawie monografii o poszczególnych taksonach – gromada, rząd, rodzaj lub grupa morfologiczna oraz na podstawie list gatunkowych (Chmiel 2006; Mułenko i in. 2008. W celu weryfikacji niepewnych lub wątpliwych danych, skorzystano z globalnych baz danych: Index Fungorum (HYPERLINK http://www.indexfungorum.org) i MycoBank (HYPERLINK http://www.mycobank.org). Nazwy roślin naczyniowych żywicielskich przyjęto za krytyczną listą roślin naczyniowych Polski (Mirek i in. 2002).